12 stycznia 1996 roku Kościół Jezusa Chrystusa w Krakowie został zarejestrowany w Departamencie Wyznań (Ministerstwo Spraw Wewnętrznych i Administracji), i figuruje w rejestrze kościołów i związków wyznaniowych pod pozycją 105.
Zakończyły się wtedy prawie dwuletnie zmagania o możliwość pełnoprawnego funkcjonowania Kościoła. Data ta jest bardzo istotna, ponieważ w symboliczny sposób kończyła czas przemiany z grupy młodzieżowej, składającej się w większości ze studentów krakowskich uczelni, w Kościół.
Historia naszego Kościoła korzeniami sięga połowy lat osiemdziesiątych, kiedy działała w Krakowie Wspólnota "Miriam", będąca częścią katolickiej Odnowy w Duchu Świętym (zwanym popularnie ruchem charyzmatycznym; Catholic Charismatic Movement). W tej wspólnocie powstała grupa studencka, która m.in. poprzez współpracę z Chrześcijańskim Stowarzyszeniem Akademickim (International Fellowship of Evangelical Students), szybko się rozrastała. Z tej grupy wywodzi się nasz Kościół.
I w końcu przyszedł rok 1991, kiedy to cała wspólnota znalazła się poza strukturami Kościoła Rzymsko-Katolickiego. Od tej pory, spotykając się do dzisiaj w ponad dwudziestu miejscach (wszystko zaczęło się na ulicy Krakusa, potem na rok gościny udzielili nam bezpłatnie Baptyści z ulicy Wyspiańskiego, następnie wiele, wiele miejsc, czasami nawet pod chmurką, aż do Placu Szczepańskiego, gdzie spotykamy się od końca 1996 roku), budujemy jako Kościół Królestwo Boże na południu Polski.
W 2000 roku zmieniliśmy status prawny Kościoła stając się ze wspólnoty lokalnej działającej tylko w Krakowie - federacją autonomicznych Kościołów. Obecnie w naszej federacji (właśnie jesteśmy w procesie zmiany nazwy na "Kościół Boży w Polsce") znajduje się dziewięć Kościołów, a w dwóch nowych miejscach prowadzona jest praca misyjna.
Dwa lata temu podjęliśmy jako federacja decyzję o przyłączeniu się do Międzynarodowego Kościoła Bożego (International Church of God, z siedzibą główną w Cleveland, w stanie Tennessee). Dzięki temu jesteśmy częścią ponad siedmiomilionowej rodziny kościelnej, obecnej w ponad 170 krajach świata.
